También el mar registró diversas acciones navales entre buques franquistas y republicanos, encaminadas sobre todo a impedir que el bando contrario recibiese suministros del extranjero. Aunque la marina fiel al gobierno estaba muy desorganizada y sin mandos eficaces, por haber sido asesinados muchos jefes y oficiales que simpatizaban con los sublevados, la flota republicana se apuntó algunos éxitos. El principal fue el hundimiento frente al cabo de Palos del crucero franquista Baleares, que causó numerosas pérdidas humanas. En el Cantábrico, dos pequeños pesqueros armados vascos, el Gipuzkoa y el Nabara, protagonizaron un valeroso enfrentamiento con el crucero franquista Canarias en el combate de cabo Machichaco.

Durante todo el conflicto, la falta de unidad y de coordinación entre las diversas fuerzas políticas republicanas, ocupadas en discusiones internas, perjudicó el esfuerzo del gobierno legítimo; mientras que en la zona franquista, puesta bajo un mando único, todos los esfuerzos se dedicaban a ganar la guerra. En los lugares conquistados por los sublevados se ejercía una feroz represión. Se llenaban de prisioneros cárceles y campos de concentración, y se calcula que durante la Guerra Civil fueron asesinadas 180.000 personas fieles a la República, a veces por el simple hecho de estar afiliadas a un sindicato. Ni siquiera destacadas personalidades de la cultura quedaron a salvo. El poeta Federico García Lorca, conocido por sus simpatías izquierdistas, fue asesinado en Granada.

A diferencia de la zona franquista, donde los suministros eran mayores, en la zona controlada por el gobierno legítimo escaseaban los alimentos, y eso produjo situaciones dramáticas de hambre y miseria. La España republicana también conoció innumerables detenciones arbitrarias, torturas y asesinatos, que se calculan en unos 50.000. Aunque ya no eran tan frecuentes como en los primeros tiempos de la sublevación, seguían realizándose ejecuciones como represalia por bombardeos y derrotas. Un gran número de presos conocidos por sus simpatías derechistas fue asesinado de forma masiva en Paracuellos del Jarama. Entre ellos se contaba el conocido autor teatral Pedro Muñoz Seca.

Las mujeres sufrieron especialmente durante la Guerra Civil, pues a menudo fueron víctimas del conflicto y de los desórdenes que trajo consigo. En la zona republicana, numerosas detenidas por grupos de incontrolados fueron violentadas y asesinadas, aunque en la zona franquista esos abusos fueron más frecuentes. Con el avance de las tropas rebeldes, infinidad de ellas fueron maltratadas, rapadas al cero y violadas por los vencedores, cuando no ejecutadas por sus ideas o parentesco. Todos los progresos sociales y políticos que las mujeres habían logrado con la República quedaron abolidos en la zona franquista. Allí, la imagen de la mujer activa, independiente y dueña de su propia vida se planteó como algo negativo, y fue sustituida por un modelo de mujer sumisa, esposa y madre, hogareña y religiosa.

El régimen franquista era dictatorial y no aceptaba réplica ni debate de ideas. El filósofo Miguel de Unamuno, prestigioso intelectual y rector de la Universidad de Salamanca, se enfrentó con el general Millán-Astray en un acto público donde éste había gritado: «¡Viva la muerte, mueran los intelectuales!». Con gran serenidad y firmeza, Unamuno replicó: «Venceréis pero no convenceréis. Venceréis porque tenéis sobrada fuerza bruta; pero no convenceréis, porque para eso os falta razón y derecho». Amenazado por los militares presentes, Unamuno estuvo a punto de ser agredido y tuvo que abandonar el lugar entre insultos. Inmediatamente fue cesado en su cargo de rector y murió al poco tiempo, arrestado en su domicilio.

Los enfrentamientos políticos en la retaguardia republicana seguían dificultando el esfuerzo de la guerra. Uno de los momentos más difíciles se produjo en Barcelona, cuando enfrentamientos entre el gobierno de la Generalitat, socialistas, comunistas y anarquistas desembocaron en levantamientos armados en barrios obreros y luchas callejeras que duraron varios días. Eso dio lugar a nuevas crisis políticas y cambios en el gobierno central. Agentes soviéticos que actuaban en España intervinieron directamente, complicando aún más la situación y las tensiones entre los diversos grupos. Hubo detenciones y asesinatos. Una sorda guerra civil de odios y desacuerdos se planteó en el interior de la República.

Las tropas rebeldes avanzaban en el norte para alcanzar la frontera francesa, y conquistaron así Santander, Bilbao, Gijón y Avilés, venciendo la dura resistencia inicial de las fuerzas republicanas. Todos los centros industriales de la región quedaron en manos franquistas. En el País Vasco, con autorización del Estado Mayor de Franco y a fin de aterrorizar a la población civil y facilitar así el derrumbe del frente enemigo, la Legión Cóndor atacó Guernica desde el aire con bombas explosivas e incendiarias, arrasando la ciudad en un ensayo despiadado de lo que después serían las tácticas aéreas nazis en la Segunda Guerra Mundial. La matanza fue terrible. Inspirado en tan atroz episodio, Pablo Picasso pintó en París su famoso cuadro Guernica.